Darbe karşıtı öğrenci eylemlerine katıldığı gerekçesiyle 12 yıl hapis cezasına çarptırıldı; 7 yıl cezaevinde kaldı.
Cezaevi sürecinin ardından sanat ve yazın dünyasına yönelen Önder, sinema yönetmeni, senarist, oyuncu ve köşe yazarı olarak birçok alanda üretim yaptı. Senaryosunu yazdığı ve Muharrem Gülmez’le birlikte yönettiği "Beynelmilel" filmi, 2007 Uluslararası Adana Altın Koza Film Festivali’nde "En İyi Film" ödülüne layık görüldü.
Siyasete 24. Dönem’de İstanbul Milletvekili olarak adım atan Önder, 25 ve 26. Dönemlerde Ankara Milletvekili olarak görev yaptı. Bu süreçte Meclis Başkanlık Divanı İdare Amirliği ve Anayasa Komisyonu üyeliği gibi önemli görevlerde bulundu. 2013–2015 yılları arasında yürütülen çözüm süreci kapsamında, İmralı Heyeti'nde yer aldı.
2018 yılında “terör örgütü propagandası” suçlamasıyla 3 yıl 6 ay hapis cezasına çarptırılan Önder, 2019 yılında tahliye edildi. 2023 genel seçimlerinde DEM Parti’den 28. Dönem İstanbul Milletvekili olarak tekrar Meclis’e giren Önder, TBMM Başkanvekili olarak görevini sürdürüyordu.
Sırrı Süreyya Önder, hem sanat hem siyaset alanındaki katkılarıyla Türkiye kamuoyunda iz bırakan bir figür olarak hafızalara kazındı. Bir çocuk babasıydı.
